gdy formatujesz zaznaczasz konkretną partycję, którą chcesz poddać tej czynności (w tym przypadku systemową, najczęściej "C"), więc nie mam mowy, aby ucierpiały dane na innej partycji, np. D lub E - w zależności od tego ile ich masz...
Jeżeli masz klucz do win, a płyty nie, to najprawdopodobniej znaczy, że masz partycję tzw. recovery, czyli do odzyskiwania systemu. W takim wypadku, musisz "postawić", odświeżyć system z tej partycji (przywróci ci ustawienia windows takie jakie były w chwili kupna sprzętu). W takim wypadku pewnie gdzieś masz dokumentację do tego kompa i tam wyjaśnione jak dokonać restauracji systemu.